يتكون القسم الاكلينيكي من رئيس القسم الذي يقود فريق من الباحثين المنسقين، والباحثين المساعدين، والمستشارين الوراثيين، والممرضات، وعلماء الاوبئة. يوفر الرئيس القيادة المهنية والخبرة السريرية اللازمة لفريق برنامج قطر جينوم.

يقود القسم الطريق لتنسيق جميع الأنشطة  المتعلقة بالمجال الاكلينيكي والتواصل مع الأطراف والمؤسسات المحلية لضمان  التهيئة لدمج بيانات الجينوم في الرعاية الصحية لتحقيق الاستفادة المثلى من هذه البيانات. سيعمل الفريق عن كثب مع عدة وحدات في المستشفيات الحكومية، والمراكز الصحية والمجتمع لتطوير السياسات ومنهجة البحث العلمي لضمان إنجاز مخرجات بحثية قيمة. كما يقوم القسم بالتنسيق مع عدة اختصاصات طبية مختلفة بتسهيل  الدراسات التعاونية وتنسيقها في مختلف التخصصات من ضمنها أمراض القلب ، السكري، الأمراض العصبية، السرطان، والعديد من الأمراض الاخرى.